En 2053, le Major disparaît lors d'une bataille à bord de l'Installation 00, l'immense structure extragalactique Forerunner appelée l'Arche, marquant la fin de trente années de guerre meurtrière contre les forces écrasantes de l'Alliance Covenante. Deux ans plus tard, la paix fragile qui s'est instaurée entre les humains et les Élites est rompue lorsqu'une surprenante découverte scientifique révèle des origines Forerunners mystérieuses qui pourraient précipiter la fin de la galaxie tout entière. Pour parer au danger, une coalition d'humains et d'Élites est mobilisée en toute hâte. Ils devront surmonter leurs différences pour mener à bien une mission secrète dans l'Arche, un lieu étonnant qui dépasse l'imagination et dont très peu sont revenus…