Rikka Isurugi est la descendante d'un clan de ninjas dont l'origine se perd dans l'Histoire. Entraînée par son grand-père depuis le plus jeune âge, elle souhaite néanmoins suivre les traces de son père, un brillant scientifique.
Le jour de ses seize ans, alors qu'elle rentre chez elle, Rikka découvre que ses proches ont été attaqués par une société très en vue, à laquelle appartenait autrefois son père : Gradsheim. Les ordres du commando sont simples : éliminer les membres de la famille et voler le fruit des recherches de son père.
Miraculeusement, Rikka s'échappe grâce aux drones programmés par son père. Elle prend alors l'identité de Black Fox afin de traquer les responsables du massacre.