Le Japon est le pays qui recense le plus d'incidents liés aux Kaiju, des monstres géants à la puissance destructrice. Pour assurer la sécurité de la population, une unité d'élite a été créée et intervient dès qu'un Kaiju est repéré afin de l'éliminer. Hibino Kafka lui, est un travailleur de l'ombre puisqu'il fait partie de l'équipe de nettoyage qui intervient après l'élimination des monstres. Il a toujours rêvé de faire partie de l'unité d'extermination mais a petit à petit abandonné son rêve. Mais son rêve va peut-être devenir réalité quand une sorte de mini-Kaiju pénètre dans son corps et le transforme à son tour en Kaiju surpuissant ! Il va essayer d'intégrer la fameuse unité d'élite mais pour cela, il va devoir apprendre à maîtriser sa nouvelle force et surtout, cacher sa véritable nature aux autres...