Cure Moonlight, la protectrice de l'Arbre des Cœurs vient d'être battue par Dark Precure qui lui a pris un morceau de sa graine de precure.Shypre et Coffret sont chargés de trouver de nouvelles PreCure.

Tsubomi est une jeune fille, de nature timide, qui vient de déménager. Tsubomi a vu en rêve le combat final de Cure Moonlight.Elle intègre donc un nouveau collège et croit qu'elle va changer sa nature. Cependant dans sa classe,elle y rencontre une jeune fille extravertie et attirée par la mode: Erika. Les deux collégiennes ne vont tarder à se lier d'amitié. Mais voilà que deux petites fées Shypre et Coffret arrivent dans leur monde et font d'elles des Pretty Cure. Elles devront dès lors combattre les Apôtres du Désert qui veulent nuire à l'Arbre des Cœurs.