Nobuta wo Produce raconte une amitié improbable entre trois lycéens : Shûji, un jeune homme prêt à tout pour maintenir sa popularité malgré le mépris qu'il porte aux autres ; Kusano le marginal maladroit et dégingandé ; Kotani, la nouvelle du lycée, introvertie et rapidement maltraitée par ses camarades. Les jeunes hommes, touchés par la détresse de Kotani, décident secrètement d'en devenir les producteurs et d'en faire la fille la plus populaire du lycée. Mais malgré leur bonne volonté (réelle) et leur imagination (débridée), les difficultés s'enchaînent et les obstacles s'accumulent, révélant parfois un visage bien noir de l'humanité. Presque malgré eux, les trois adolescents noueront une amitié qui changera profondément leur manière d'envisager la vie et l'avenir.