Deux ans après la destruction de Midgar, ses habitants reconstruisent la cité.Néanmoins une mystérieuse maladie (Geostigma) les contamine progressivement. Alors que Cloud vit calmement avec des orphelins, il entre en contact avec le violent Kadaj qui lui propose d’assurer sa protection. Kadaj et sa bande recherchent leur « Mère » et en définitive s’en prennent à l’univers pacifique de Cloud : le combat ne fait que commencer…