Au XVIIème siècle, deux prêtres portugais débarquent sur les côtes japonaises. Leur but est d'infiltrer la communauté chrétienne contrainte à la clandestinité par les autorités féodales, et de réimplanter l'Eglise dans ce pays insulaire isolé. Bientôt persécutés à leur tour, les prêtres vont découvrir la terrible vérité cachée derrière la disparition d'un autre missionnaire des années auparavant...