Taiju, un lycéen tokyoïte, est un jour victime d’un phénomène mystérieux : en une fraction de seconde, l’humanité entière est transformée en pierre ! Des milliers d’années plus tard, à son réveil, il décide de rebâtir la civilisation à partir de zéro avec son ami Senku !! Quand le renouveau de l'espèce humaine ne tient qu'à deux garçons, quelles solutions peuvent bien s'offrir à la survie de l'humanité ?