Juin 1983. Hinamizawa (雛見沢) est un petit village rural (lieu fictif basé sur le village de Shirakawa, Gifu), d'apparence paisible où le personnage principal, Keiichi Maebara, vient emménager avec sa famille. Il va très vite se lier avec quatre de ses camarades de classe, quatre jeunes filles nommées Rena Ryūgū, Mion Sonozaki, Rika Furude, et Satoko Hōjō, qui l'acceptent dans leur club d'amateurs de jeux de société. Hinamizawa paraît être un village normal, paisible et rural; cependant, tout bascule après la fête du village appelée le festival du Watanagashi pour célébrer la déité locale, Oyashiro-sama. Keiichi apprend que depuis 4 ans déjà, une personne disparaît et une autre est retrouvée morte le lendemain de la fête. Dans chaque chapitre, lui ou une de ses amies se retrouve sous le joug de "la malédiction d'Oyashiro". Il semble impossible de séparer la réalité du surnaturel, mais doucement, le mystère de Hinamizawa est révélé.