L'Arcadia, le vaisseau d'Albator et de son équipage, créé par le meilleur ami (Toshiro) du capitaine, se met tout d'un coup à prendre seul les commandes pour prendre à bord Stellie (Mayu-chan), qui était sa fille, pour se rappeler d'elle et de leurs bons souvenirs (NDLR : l'âme de Toshiro habite l'ordinateur de bord de l'Arcadia). Après le voyage de retour sur Terre, l'Arcadia, de nouveau sous contrôle, indique sur l'écho-radar un mystérieux signal venant de la fosse du diable, un cimetière sous-marin d'où les navires ne reviennent jamais ! Là-bas et après un combat contre un vaisseau fantôme, Albator découvrira dans les profondeurs de la mer une base des Sylvidres (Mazones) diriger par la sorcière Aman...