L'immense succès remporté par le personnage de Mystique dans les films X-Men a incité Marvel à lui consacrer sa propre série. Le scénario et le dessin ont été confiés à Brian Vaughan et Jorge Lucas, deux jeunes artistes déjà très talentueux.

Ennemie des X-Men depuis toujours, Raven Darkholme, alias Mystique, utilise ses pouvoirs de métamorphe à des fins terroristes. Mais traquée par tous les gouvernements du monde, elle est sauvée par le Professeur Xavier qui lui propose de travailler pour lui comme agent secret. Elle est aidée par un minuscule mutant et Forge, une ancienne flamme, dans des missions de plus en plus dangereuses. Mais peut-on vraiment faire confiance à Mystique ? Par ailleurs, Mystique peut-elle faire confiance à Xavier ?