La partie a commencé et les Tortues auront besoin de toute l'aide possible ! Alors que le Roi des Rats et son nouveau « Trio de la Terreur » — composé de Madame Null, du Général Krang et de Baxter Stockman — déclenchent le « Jeu de l'Armageddon » contre les habitants de New York et de Mutant Town, les Tortues Ninja — sous la direction d'un Shredder qui a changé de camp — font appel à des alliés, anciens comme nouveaux, pour les épauler dans leur quête désespérée visant à contrecarrer le plan machiavélique du Roi des Rats. Karai, Casey Jones, April O’Neil, Nobody, Alopex, Bludgeon et Venus jouent tous un rôle crucial dans cet affrontement apocalyptique pour le sort du monde. Mais cette coalition pourra-t-elle résister à la dernière manœuvre du Roi des Rats... ou une alliance inédite et inattendue verra-t-elle le jour dans son sillage ?