En voulant ressusciter leur mère, Edward et Alphonse Elric vont utiliser une technique interdite relevant du domaine de l’alchimie : la transmutation humaine. Seulement, l’expérience va mal tourner. En effet, en alchimie, pour une transmutation humaine pour faire revenir un défunt, il faut donner quelque chose en échange...
Alphonse perdit alors son corps et Edward, une jambe, et sacrifia un bras afin de récupérer l'âme de son frère ...
Aujourd'hui, Alphonse est enfermé dans une armure et Edward lui porte des Automails, c'est à ce moment qu'ils partent à l'aventure afin de récupérer leur vrai corps...

La série compte 27 volumes (116 chapitres en tout) publiés par Square Enix entre juillet 2001 et septembre 2010.