Studio Chizu est fondé par Saitō Yūichirō et Hosoda Mamoru. Tous deux avaient déjà travaillé ensemble dans les studios Madhouse ; Saitō, membre de Madhouse depuis 1999, y avait en effet coproduit La Traversée du Temps que Hosoda avait réalisé.

Hosoda avait réalisé au total deux productions avec Madhouse : La Traversée du Temps (時をかける少女) et Summer Wars (サマーウォーズ). C'est l'imagerie du premier qui inspirera le logo du studio Chizu, la silhouette bondissante figurant Makoto Konno, personnage central de l'histoire. Ces deux films sont cependant antérieurs à la création de l'entreprise.

Saitō a décrit Studio Chizu comme l'instrument dédié par lequel Hosoda pourrait concrétiser sa vision d'auteur, perspective que Hosoda a confirmé.

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