Cette nouvelle aventure d'Akira débute alors que Tetsuo vient de déclencher un nouveau et gigantesque cataclysme. Néo-Tokyo est de nouveau totalement détruite et les survivants sont livrés à eux-mêmes.
Les grands scientifiques du monde entier se réunissent pour trouver une solution. Sur Terre, il faut s'entraider pour contrer les ravages de Tetsuo. Kanéda, qui vient de retrouver Kay, s'allie avec le Joker et envisage de collaborer avec le colonel qui vient de sauver Kiyoko. La seule issue envisagée est de faire de Kay un médium, un canalisateur d'énergie capable de contrer Tetsuo qui, après avoir créé un énorme cratère sur la Lune, commence à prendre une forme monstrueuse.
Mais est-il possible de sauver un monde qui est déjà en ruines ?