La guerre entre humains et Covenants, un combat à mort pour la survie de l'humanité, a atteint son point culminant sur le monde mystérieux de Halo. Mais la puissante armée extraterrestre ne compte pas stopper là sa quête destructrice…

Halo a été détruit, et la menace que l'anneau artificiel faisait peser sur toute forme de vie, neutralisé. Mais la victoire a coûté terriblement cher au CSNU[sic]. Des milliers de courageux soldats sont tombés sur le champ de bataille pour éviter que l'invention extraterrestre ne tombe entre les mains de l'ennemi.

Maintenant, le sort de l'humanité repose tout entier sur l'un des seuls Spartans ayant échappé au carnage : l'Adjudant. Avec l'aide de Cortana, l'intelligence artificielle du vaisseau, il doit s'efforcer de rassembler les survivants, malgré la présence de nombreuses patrouilles de Covenants gravitant autour des débris de Halo…