Dans cette aventure inédite, ce n'est plus Link qui devra sauver la princesse Zelda ! Avec The Legend of Zelda : Echoes of Wisdom, les rôles s'inversent. Grâce au pouvoir du sceptre de Tri, la princesse d'Hyrule s'en va secourir son royaume, ravagé par de nombreuses et étranges failles. À l'aide de ce bâton, elle pourra créer des objets à volonté, du moment qu'elle a pu récupérer leur écho, et matérialiser des ennemis, selon le même principe, pour l'aider à triompher des combats les plus ardus.