Ys Origin est un jeu de rôle. Cet épisode Origin prend place 700 ans avant le premier épisode de la saga. Et c'est le premier dans lequel on ne joue pas le rôle d'Adol. Le joueur peut choisir entre Yunika Toba et Yugo Fact ; chaque personnage a sa propre histoire, et les attaques et pouvoirs diffèrent également de l'un à l'autre.