Chine, XVIe siècle.

Les Assassins ne sont plus.

La Confrérie de la Plaine centrale a été renversée et tous ses membres ont été massacrés.

Zhang Yong, l’implacable chef des Huit Tigres, a profité de la mort de l’empereur pour faire éliminer tous ses adversaires, asseyant ainsi le pouvoir des Templiers dans le sang.

Shao Jun, dernière représentante de son clan, réchappe de justesse à la mort et n’a d’autre choix que de fuir sa patrie. Jurant de venger ses anciens frères d’armes, elle rejoint alors l’Europe afin de se former auprès du légendaire Ezio Auditore.

De retour dans l’empire du Milieu, elle va vite comprendre que son sabre et sa détermination seuls ne suffiront pas à éliminer Zhang Yong : il lui faudra s’entourer d’alliés et manœuvrer dans l’ombre pour frapper les Huit Tigres en plein cœur…

La dynastie Ming s’apprête alors à devenir le théâtre d’une gigantesque partie d’échecs entre la Confrérie des Assassins et l’Ordre des Templiers.