Ce nouvel opus, suite directe du premier Freedom Planet, va mettre les héros du jeu à rude épreuve. En effet, deux ans après les événements du premier titre de la série, une terrible menace émerge des océans. Cette dernière, appelée Merga, n'est autre qu'un dragon d'eau, une créature très ancienne et mortelle du monde d'Avalice. Les héros devront alors s'unir et concentrer leurs efforts pour espérer vaincre cette terrible menace.