Après la destruction de Tokyo-3 et le sacrifice de Rei, qui permit à Shinji d'avoir la vie sauve, ce dernier découvre avec stupeur que son amie est toujours en vie. Mais est-ce toujours la même personne ? Pendant ce temps, Kaoru s'avère être le dernier Ange ! Prenant possession de l'Eva-02, il pénètre dans le Terminal Dogma où est confiné Adam. Shinji se lance à sa poursuite, mais arrivera-t-il à le supprimer ? Le manga culte prend un tournant décisif et rejoint la terrifiante conclusion des films !