3004. Banni de la Terre, l'Atlantis parcours l'espace à la recherche de la « planète idéale ». Son équipage est confronté aux redoutables Humanoïdes, les maîtres de la galaxie, qui asservissent les planètes et exterminent ceux qui leur résistent. Mais les pires ennemis sont peut-être les Terriens résignés ou complices de ces Humanoïdes, comme Monsieur Zon, un ingénieur vendu à l'envahisseur et ennemi juré d'Albator.