L'histoire de Peace Maker Kurogane se situe au milieu du 19ème siècle au japon, à l'époque où le Shinsengumi est à son apogée. Ichimura Tetsunosuke, un garçon de 15 ans et son frère Tatsunosuke, désire rejoindre cette milice afin de venger le meurtre de leur père, tué par des membres extrémistes du clan Chôshû; groupe opposant au gouvernement en place.