Six mois ont passé depuis la dissolution de la section 9 et l'arrestation du cerveau au cœur de l'affaire du rieur. Des terroristes, se faisant appeler "les onze individuels", prennent les employés de l'ambassade de Chine en otage. Motoko Kusanagi et son équipe ont pour mission de sauver les innocents pris dans ce conflit. Un nouveau début, une nouvelle menace ! La section 9 affronte un nouvel ennemi dans cette seconde saison dont le concept a été inventé par Mamoru Oshii lui-même !