À l'ère Edo, le Japon est envahi par des extraterrestres appelés Amanto, des créatures de formes diverses, mais toutes plus ou moins humanoïdes. Ceux-ci parviennent à vaincre les samouraï après de longs combats. Dès lors, une futurisation radicale tranchant avec le décor classique du Japon se met en place et les Amanto interdisent le port du sabre en public. Malgré tout, il en reste qui préfèrent conserver leur bushido. Dans ce Japon complètement anachronique, subsistent ainsi des personnes qui refusent d'abandonner leur sabre. Parmi eux, Gintoki Sakata, ancien samouraï excentrique qui aide un adolescent nommé Shinpachi Shimura, à sauver sa sœur Tae d'un groupe d'extraterrestres qui veulent la faire rejoindre une maison close. Impressionné par Gintoki, Shinpachi devient son apprenti et travaille avec lui comme homme à tout faire dans le but de payer le loyer de Gintoki.