En 1999, une île du Pacifique sud, Macross, voit s'écraser sur elle un étrange vaisseau spatial. 
Cet évènement va bouleverser l'histoire de l'humanité. En effet, on a la preuve de l'existence des extraterrestres : tous les États du monde se mettent d'accord pour un cessez-le-feu et pour établir un gouvernement mondial unique afin de préparer une éventuelle attaque extraterrestre. 
Quelques années plus tard, les humains ont réussi à comprendre la technologie extraite du vaisseau, appelée "Robotech". Désormais, ils sont capables de se défendre face à une menace venue d'ailleurs...