Soul Eater raconte l'histoire de plusieurs jeunes élèves de l'école Shibusen. Cette école a été fondée par Maître Shinigami (le Dieu de la mort) dans le but de former des jeunes meisters avec leurs armes démoniaques, pouvant prendre forme humaine, à faucher des âmes; et également, d'éviter que le Grand Dévoreur, qui a failli engloutir le monde dans le désespoir et la folie, ne puisse renaître de nouveau. Le but des meisters est de faire avaler 99 âmes de démons et 1 âme de sorcière, afin d'avoir accès au rang de Death Scythe. Tout serait bien si c'était aussi simple, malheureusement de nombreux obstacles barreront la route des protagonistes.