Natsume est un jeune homme, encore en pleine adolescence qui expose un gout prononcé pour la solitude. Il détient le pouvoir de voir les Yokai depuis son enfance, ce qui l'a toujours éloigné des autres et qui n'arrange en rien le contact avec les autres personnes. C'est Reiko, sa grand mère, qui lui a transmit ce pouvoir. Cette dernière pouvait contrôler tous les Yôkai qu'elle avait vaincu grâce à un carnet où elle inscrivait le nom de ses ennemis. Mais aujourd'hui, le carnet étant dans ses mains, Natsume s'est promis de rendre tous les noms inscrits dedans, avec l'aide de son professeur Madara, et de tous ses compagnons.