Zalem, la mystérieuse cité volante, surplombe une ville en ruines peuplée de cyborgs et de parias qui survivent grâce aux déchets déversés par la gigantesque ville. Au milieu de Kuzutetsu, la décharge, Ido, un docteur en cybernétique, découvre les restes d'une jeune fille. Il la prénomme Gally, lui offre un nouveau corps mécanique et la traite comme sa propre fille. Mais l'idylle est de courte durée car Ido a une autre activité bien moins noble que celle de médecin, et Gally possède d'étranges capacités issues des réminiscences d'un passé lointain. En affrontant de nombreux adversaires et en se lançant dans une aventure épique, Gally combat avant tout pour son humanité.