Last Order constitue d'abord une sorte de « continuité » alternative, en commençant peu après un événement du début du dernier tome de Gunnm, quand l'héroïne Gally, un cyborg (un cerveau humain dans un corps robotique) saute sur une bombe et est récupérée inconsciente (et en morceaux) par le savant fou Desty Nova, qui l'emmène sur Zalem, la mystérieuse cité flottant dans le ciel.