Chiharu, une humaine augmentée, et Makina, une cyborg, ont été arrêtées pour avoir enfreint le code de la route galactique. Dans le cadre de leur peine de travaux d'intérêt général, elles sont affectées au nettoyage du « Milky Subway », un train interplanétaire. Ce qui devait être une simple mission tourne rapidement à l'incident majeur !