Quand son bateau est pris en otage par les incontrôlables pirates du Black Lagoon, Rokuro Okajima est convaincu que ses patrons vont tout faire pour le sauver. Mais quand il comprend que leur véritable intention est d'effacer toute preuve de sa mission, il se retrouve obligé de faire équipe avec ses kidnappeurs. Entre lui et sa liberté ? Une armée de tueurs et une tornade de coups de feu !!