Deux jeunes alchimistes, Edward Elric et son frère cadet Alphonse Elric, tentent de ramener leur mère à la vie grâce à une technique alchimique interdite : la transmutation humaine. Mais les 2 frères paieront un lourd tribut : Edward perdra un bras et une jambe et Alphonse perdra son corps, son esprit étant scellé dans une armure. Afin de retrouver ce qu’ils ont perdu, Edward devient un Alchimiste d'État, surnommé le Fullmetal Alchemist. Cependant, de nombreuses épreuves les attendent, notamment la traque incessante des mystérieux Homonculus.