Alors que le Roi des Rats lance les hostilités, les Tortues sont contraintes de réagir, mettant ainsi Mutant Town en péril. Sous la direction de Shredder, les TMNT entament une quête périlleuse pour trouver des alliés capables de contrer le trio de la terreur du Roi des Rats : LeatherKrang, Baxter Stockman et Madame Null. Cette mission dispersera les Tortues à travers New York… mais aussi à travers de multiples dimensions ! Le temps presse toutefois, car leurs ennemis sont déjà en marche et la situation s'annonce critique pour Mutant Town en l'absence de la plupart de nos héros. Mesures désespérées, attaques sous faux drapeau, nouveaux antagonistes mystérieux et alliances inattendues : tous ces éléments sont au cœur de ce jeu dangereux !