Shinichi Kudo est un jeune homme de 17 ans, joueur de foot accompli, étudiant dans la célèbre école de détectives. Il est brillant et son modèle n'est autre que le héros de Conan Doyle, Sherlock Holmes. Au cours d'une enquête, il surprend un marché douteux mais est fait prisonnier. Plutôt que de le tuer, les bandits menés par un homme en noir lui font absorber un poison bien étrange. Shinichi se voit alors transformé en garçonnet. Ses parents vivant à l'étranger, il se tourne vers Agasa, mélange de Doc de "Retour vers le Futur" et de Q, le savant fou inépuisable fournisseur de gadgets de James Bond. Pour son amie d'enfance, Ran, Shinichi devient Conan Edogawa, un lointain neveu du professeur. Recueilli par Ran et son père, un détective sur la touche, Conan mène l'enquête à travers lui. Il s'entoure d'amis à sa taille, le groupe des jeunes détectives. Le jeune homme à l'aspect d'enfant, n'aura de cesse de retrouver sa véritable apparence.